需要根据抗体应用于什么实验，以及您所能获得的材料来决定。
1. 实验过程中蛋白处于天然状态，这时使用的抗体识别的一般是蛋白的构象表位和线性表位；这样的实验主要有CO-IP、FACS、Neutralizing/Blocking以及ELISA法检测天然蛋白等；
2. 实验过程中蛋白处于变性或半变性状态，这时大部分的构象表位已被破坏，抗体识别的一般都是线性表位；这样的实验主要有：Western、IHC/ICC/IF等以多肽作为抗原制备的抗体，识别的是线性表位，在使用时蛋白处于变性或半变性状态下，结果可以令人满意；但不能够保证识别天然蛋白以蛋白作为抗原制备的抗体，识别蛋白的线性和构象表位，基本上所有的实验都可以应用，所以，用蛋白作为抗原应是首选，但是在多肽抗原已可满足实验要求而且得到蛋白有一定难度的情况下，以多肽作为抗原制备抗体更加合适。
3. 如果提供全氨基酸序列的话，就可以表达蛋白；如果提供的只是多肽序列的话，那么只能合成多肽，但是一般来说，用完整的蛋白比用多肽免疫的效果要好，而且多肽免疫后的血清不保证一定可以识别完整的抗原。因为肽只是一个线性序列，而且是人工合成的，所以针对这个肽的抗体能否识别天然蛋白是不确定的，所以在制备抗体之前，对肽的设计很重要。